吃过饭，陈辉收拾好垃圾，放在一旁垃圾桶中，再次回到电脑前。


    刚刚吃饭时，放空大脑的他已经找到了新的灵感，他意识到，这是生物，这是医学，不能仅靠纯数学驱动，必须给模型加入生物学约束！


    登陆上专业的论文网站，陈辉开始搜索蛋白质相互作用的数据库和已知的信号通路图谱相关的论文，他之前就了解过这方面的内容，但并没有深入研究。


    时间一天天过去，陈辉如同一块饥渴的海绵，疯狂的吸收着一切知识。


    一周后，万事俱备，陈辉开始继续改进自己的模型，他没有直接套用，而是将这些知识转化为弱先验信息，即哪些蛋白之间更可能存在相互作用，基于已知复合体、结构域相似性等，为模型提供一些模糊的、概率性的指导。


    然后陈辉采用贝叶斯网络的机器学习方法，这种方法特别适合从数据中推断因果关系网络，并且可以方便地融入他收集到的弱先验信息作为约束。


    很快，新的模型完成。


    新模型运行后，得到了一个初步的、概率性的网络图。


    图中指向了一个之前被忽略的、名为PKCδ的蛋白激酶可能处于这个新通路的核心位置。


    陈辉露出开心的笑容，忙碌了这么多天，终于有了个还不错的结果。


    然而很快，陈辉就皱起了眉头，在模型中，PKCδ与上游的连接仍然模糊，光是目前的信息，根本没办法提供足够的置信度。


    进步了，但还不够！


    陈辉深吸一口气，他早已经习惯了这样的攻坚研究，非但没有感觉气馁，甚至斗志昂扬。


    这一次，他足足花了三天时间，也依旧没有想到更好的思路。


    研究似乎已经陷入了僵局。


    期间宋朝明也来过几次，毕竟陈辉来他们团队也已经接近半个月了，却一点动静都没有，他自然得来看看。


    原本还有些忐忑的他，在见到陈辉第二版的模型后，差点兴奋得在会议室中跳起舞来。


    不过他还是赞成陈辉严谨的态度。


    跟唐剑不同，他现在早已经功成名就，即便多一篇《自然》《科学》也并不能给他带来太大的好处，所以他对发论文的执念没有那么深。


    他们研究的是肿瘤，最终的研究成果是要用到病人身上的，可不能真的就用一个看似完美的成果去替代真实情况。


    即便药物会提前经过动物测试，但谁也说不准最后会不会出现什么可怕的后果，自然需要慎之又慎。


    更何况，这才半个月，陈辉就能做出这样令人惊喜的结果，他根本不介意再多等几个月。


    呼！


    长出一口气，陈辉目光从屏幕上移开，暂时放空一下大脑。


    他的确遇到了难题。


    几秒钟后，陈辉目光再次恢复坚定，再次看向电脑屏幕，然后移动鼠标，再次打开了宋朝明团队的历史研究数据。


    既然前方一片黑暗，暂时找不到路，那不如回头看看，从这些数据中去寻找可能的线索。


    又是一周时间，这一次，陈辉以更加细致的方式去审视这些数据，比之前耗费了更多的时间，但想要的灵感依旧没有到来。


    做科研就是这样，即便你花费了大量的时间精力，费尽了心血，也不一定能出成果，说不定偶尔一个突然的想法，反而能有大发现。


    凌晨两点，陈辉在会议室中缓缓移动鼠标，锐利的目光在纷繁的数据中不断流转。


    时间一点一点流逝。


    很快已经是两点五十。


    陈辉收回目光，他准备睡觉了。


    从初中开始，他的睡眠都十分规律，如果没有什么紧急的事情，他都是凌晨三点睡觉，早上六点起床。


    正是规律的睡眠，让他拥有一副好身体，让他能够保持旺盛的精力进行学习研究。


    忽然，陈辉双眼微眯。


    他在实验记录中注意到了一个被所有人忽略的细节，那批质谱数据是不同时间点0h，1h，6h，24h的采样！


    而之前的分析，都下意识地把它们合并处理了，试图找一个静态网络。


    但显然，信号通路的激活是一个动态过程！


    就像看一场传球比赛，你必须看视频回放，而不是看一张合影，才能知道是谁传给了谁。


    灵光乍现，随后便是无数灵光涌现。


    就像是敲开了那层遮蔽泉水的纸片，随后便是地涌金泉！


    陈辉立刻转向了动态贝叶斯网络和时间序列分析，他将不同时间点的数据按照其内在时间关系串联起来。


    他构建模型，追踪每一个信号蛋白的磷酸化水平随时间变化的轨迹。


    通过分析这些轨迹之间的时间先后顺序和协变关系，因果关系的推断变得前所未有的清晰，是A蛋白的激活consistently发生在B蛋白之前，那么A是B因的可能性就极大提高了。


    迷雾瞬间散开！


    动态模型清晰地显示，特定的EGFR突变体首先快速招募并激活了一个适配器蛋白，然后这个适配器蛋白在某个特定时间点意外地激活了PKCδ，PKCδ进而绕过经典的RAS蛋白，直接磷酸化并激活了下游的RAF同工酶，从而抄近路驱动了整个促增殖通路。


    陈辉很快找到了一条经过动态时间序列数据验证的、高置信度的非经典通路模型，突变EGFR->Gab1->PKCδ->CRAF->MEK->ERK。


    他还利用这个模型预测了几个关键节点，如果抑制PKCδ，就应该能特异性地阻断这条非经典通路，逆转耐药性，他甚至还预测了抑制后下游各蛋白磷酸化水平下降的先后顺序和大致幅度。


    ……


    早上八点，唐剑准时来到实验室，提着新鲜的豆浆油条往小会议室走去。


    吱呀，


    还不等唐剑走进会议室，会议室的门就被推开，陈辉从里面走了出来。


    唐剑愣在原地，眼睛一点点睁大。


    陈辉在会议室中待了一个多月了，从来没有出来过，现在他出来，是不是意味着，模型构架成功了？


    “通知宋教授，准备验证吧！”


    陈辉没有卖关子，接过唐剑手中的豆浆油条，自顾自的大快朵颐起来。


    八点半，


    华夏医学科学院，国家重点肿瘤研究实验室，


    二十三人的团队齐聚一堂，大家齐聚大会议室。


    “真的假的，他真的完成了模型的构建？”


    直到现在，除了唐剑之外，其他师弟师妹们依旧持怀疑态度。


    “这么大阵仗，不能是假的吧。”


    另一位师弟说到，他不敢想象若那个本科生真是撒谎，到底会闯下多大的祸。


    “如果是真的……”


    有师弟双眼精光爆闪，“那我们岂不是赶上好时候了。”


    他们进行这个研究已经三年了，自然知道它的价值，如果真能证实他们的猜想，这个成果必然是世界级的，以后他们将成为这个领域的绝对权威。


    “先别做梦了，看看验证结果再说吧……”


    “好了，模型的仿真结果大家都已经看到了，接下来我们需要使用WesternBlot技术进行靶点确认。”


    宋朝明站在会议室最前方，拍了拍手，等到会议室安静下来，才开口说道。


    他们需要重复陈辉模型中最关键的起点，确认在他们的特定EGFR突变细胞系中，PKCδ的磷酸化水平确实在用药后异常升高，且时间点与预测吻合。


    这是一切的基础，只有完成了靶点确认，他们才能进行下一步实验。


    很快，宋朝明安排好实验分工，众人一哄而散，穿上实验服进入实验室，虽然心中依旧有些迟疑，但他们也迫不及待的想看到最后的验证结果。


    可惜生物实验与其他实验还有一些不同，它需要时间的沉淀，无法速成。


    实验紧张而有序地展开，培养箱日夜运行，实验室的灯常常亮到深夜。


    直到三天后，WesternBlot结果才出来，


    当那张暗房里显影的胶片被拿出来时，负责的实验员几乎是小跑着拿去给宋朝明。


    结果清晰无比，在用药后1小时和6小时，PKCδ的磷酸化条带果然比对照组明显更浓！模型的第一步预测被完美证实！


    实验室里响起一阵小小的欢呼，所有人看向陈辉的眼神都变了，有因为之前怀疑的愧疚，也有因为陈辉惊人实力而产生的狂热崇拜。


    “陈师弟牛逼！”


    不知道哪位师弟忽然激动的大喊了一声。


    “陈师弟牛逼！”


    很快，这样的欢呼就充满了实验室。


    宋朝明脸上也露出了欣慰的笑容，他这所重点实验室，已经很久没有经历过如此热烈的欢呼了。


    “好了，这只是第1步，最关键的还在后面呢。”


    等了几分钟，等到大家将兴奋的情绪宣泄以后，宋朝明才再次开口说道。


    接下来他们需要进行功能获得/丧失实验，首先，他们需要设计并合成针对PKCδ基因的siRNA，转染进癌细胞，特异性沉默PKCδ的表达。


    使用一种已知的、较为特异的PKCδ抑制剂比如Rottlerin或其类似物，在不同


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    浓度下处理细胞。


    使用CCK-8或MTT等assays，分别检测在仅用靶向药、仅抑制PKCδ、以及两者联用的情况下，癌细胞的增殖活力变化。


    根据陈辉的模型预测，联用组应表现出显著的协同抑制效应。


    接下来就需要进行长期观察，观察在长期作用下，癌细胞形成集落的能力是否被联用方案彻底摧毁。


    在施加上述处理后，再次利用WesternBlot或磷酸化抗体芯片，检测陈辉预测的通路下游关键蛋白CRAF，MEK，ERK的磷酸化水平。


    根据模型预测，抑制PKCδ后，下游这些蛋白的磷酸化水平应显著降低，证明通路被成功阻断。


    很快，宋朝明就带领团队制定了后续的验证计划。


    所有人都斗志昂扬的投入到了接下来的验证实验中。


    第二天，siRNA转染完成，抑制剂也已加样，细胞在各自的处理条件下继续培养，所有人都小心翼翼的关注着那些培养板，仿佛里面正在孕育着决定命运的答案。


    第五天，细胞活力检测的结果率先出炉，唐剑将数据处理成图表，打印出来时，手都有些颤抖。


    图表显示单独使用奥希替尼靶向药，细胞活力有所下降，但远未死亡，证实了耐药。


    单独使用PKCδ抑制剂，细胞活力仅有轻微影响。


    但两者联用，细胞活力出现了断崖式下跌！


    抑制率远超两者单独效果之和，出现了强烈的协同效应！


    “成功了！老师！你看！”唐剑激动地指着图表，宋朝明一把抓过图纸，眼睛死死盯着那条代表联用的曲线，脸上因激动而泛红，喃喃道：“对上了…完全对上了！”


    陈辉也松了口气，事实证明，他是对的！


    随后几天的结果接踵而至，每一步都严丝合缝地印证着陈辉的预测，对照组和单药组还能形成大小不一的细胞集落，而联用组的培养板上几乎光洁如新，意味着癌细胞的增殖潜能被彻底根除。


    最后进行机制回溯WesternBlot，结果显示，在抑制了PKCδ后，下游的p-CRAF、p-MEK、p-ERK的信号强度果然如同被关掉了闸门一样，显著减弱甚至消失。


    这条非经典通路的信号流被清晰地可视化了出来，从源头到下游，被彻底切断。


    宋朝明拿着所有的实验数据报告，那份完美无缺的验证报告，站在实验室中央，他的手因为激动而微微颤抖，他环视着同样激动不已、如释重负的团队成员们。


    “我们……我们成功了！”他的声音一开始有些哽咽，随即变得洪亮而充满力量，“五个月！卡了我们五个月的难题，解决了！不仅解决了，我们还发现了一条全新的、重要的耐药机制！”


    他挥舞着手中的数据图，“陈飞的模型，100%正确！从靶点、到时序、到功能、到机制，每一步都预测得精准无比！这不是运气，这是……这是真正的实力！”


    实验室里爆发出前所未有的欢呼和掌声，夹杂着这几年来积压的压力彻底释放的感叹声，有人甚至激动地跳了起来，在实验室手舞足蹈，激动得不能自已。


    宋朝明立刻拿出手机，走到窗边，第一个电话打给了刘教授，几乎是喊着说：“老刘！你介绍来的那个陈辉……是个天才！绝对的！他解决了！完美解决！”


    刘吉守也有些激动，他没想到陈辉竟然这么快就解决了宋朝明的问题，当然，这还是因为他并没有完全明白宋朝明这个成果的重要性。


    第二个电话，宋朝明毫不犹豫地打给了陈辉本人。


    “陈飞！”他的语气充满了难以抑制的兴奋和敬佩，“验证结果出来了……完美！所有的预测，全部吻合！你帮我们打开了一扇全新的大门！”


    电话那头，陈辉的声音依然平静，只是简单地回道，“那就好，宋教授，数据发我一份，这对我的模型优化很有帮助。”


    完整了解了宋朝明的思路之后，陈辉就知道这个成果只能算是肿瘤研究的一个进步，并不能完全解决癌症。


    因为这样的非经典通路，很难穷举，每一个癌症患者的症状都并不完全相同，很可能，一千个肺癌，有一千个经典通路。


    这只是一小步而已，并不值得狂喜。


    宋朝明放下电话，看着窗外，心中波澜起伏。


    他明白，他见证的不仅仅是一个技术难题的解决，更是一种全新的、强大的科研范式的降临，而这个带来变革的人，竟然是一个如此年轻的外援。


    陈辉的名字，从这一刻起，在他的心中拥有了沉甸甸的分量。


    (本章完)